Δράσεις συγχρηματοδοτούμενες από το ΕΚΤ υλοποιούνται μέσω των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων.
Κάθε Επιχειρησιακό Πρόγραμμα σχεδιάζει και εξειδικεύει τις δράσεις που θα υλοποιήσει, βάσει των στρατηγικών, των επενδυτικών προτεραιοτήτων και των ειδικών στόχων που έχουν συμφωνηθεί μεταξύ της Ελλάδας και της ΕΕ.
Την υλοποίηση των δράσεων αναλαμβάνουν δημόσιοι ή ιδιωτικοί φορείς που ορίζονται ως «Δικαιούχοι». Ενδεικτικά για τις δράσεις του ΕΚΤ δικαιούχοι μπορεί να είναι: Επιτελικές Δομές των αρμόδιων Υπουργείων και άλλοι μεγάλοι εποπτευόμενοι από αυτά φορείς, όπως ο ΟΑΕΔ, το Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής, το ΙΤΥΕ Διόφαντος, ο ΕΟΠΠΕΠ, το ΕΚΔΔΑ, καθώς και Δήμοι, Κοινωνικοί Εταίροι, ΜΚΟ, Ακαδημαϊκά Ιδρύματα, νεοϊδρυθείσες πολύ μικρές και μικρές επιχειρήσεις, ΚοινΣΕπ, κ.ά.